《琅琊榜之风起长林》主要讲述长林王府被陷害后，二公子萧平旌逐渐成长，为家族平反，守护家国百姓的故事，众所周知，《琅琊榜》第一部主要讲述的是梅长苏的复仇，但第二部的侧重点却是成长，不仅是萧平旌的成长，还包括萧元启。
该剧的故事背景设定在萧景琰的儿子登基后，长林王府功高震主，荀皇后一直担心他们谋反，她的这一心思被夜秦人濮阳缨利用，借此陷害长林王府，长林王府一门忠烈，却因陷害导致世子萧平章战死沙场，王爷萧庭生也惨死家中。
萧平旌是长林王府的二公子，他从小在父兄的呵护下长大，性格爽朗，无忧无虑，父兄的死让他迅速成长，他以弱小的肩膀挑起整个王府的重担，他驻守边疆，守护家国的同时也在一步步追查父兄死亡的真相。
萧元启本是皇室子弟，却因父亲被处死导致他从未享受过皇室带来的荣耀，这也使他成长为自私自利，阴狠毒辣之人，荀皇后的哥哥荀白水暗中扶持萧元启，利用他的力量对抗长林王府，萧元启和萧平旌的之间的对抗也逐渐展开。
长林王府面临重重困境，即便如此，萧平旌依旧勇敢前行，他不畏强权，在众人的帮助下，成功挫败萧元启的阴谋，使百姓重新过上平静祥和的生活，功成名就后的萧平旌并没有贪恋权势，而是和爱人林奚一起归隐。
萧平旌和萧元启一正一邪，一明一暗，在不同的人生道路上，他们做出了不同的选择，最后的结局也早已注定，萧元启有这样的结局也是他咎由自取的后果，萧平旌不贪恋权势的胸襟也令人钦佩不已。
