土壤中微生物数量多、繁殖快、活动性强，对植物有非常重要的影响，主要表现在以下方面:
土壤微生物是生态系统中的分解者，它们使有机质分解，释放养分，供植物利用。另外，有些土壤微生物还能直接对岩石进行分解，如硅酸盐菌能分解土壤中的硅酸盐，并分离出高等植物能吸收的。
土壤微生物生命活动产生的生长激素以及维生素类物质对植物的种子萌发和正常的生长发育能产生良好影响。某些微生物在不同程度上具有抑制病毒和致病性细菌、真菌的作用，在一定条件下可以成为植物病原菌的拮抗体。某些微生物还能把土壤中有毒的H2S，CH4等转化成无毒物质，如硫化细菌能将H2S转化为硫酸盐。
土壤中的某些真菌还能与某些高等植物的根系形成共生体，称为菌根。有的真菌还具有固氮性能，能改善植物的氮素循环。但是，土壤微生物也有对植物生长不利的一面，如某些微生物本身就是致病的病原菌。在某些条件下，有些微生物的活动还能引起养分损失。
