慈云寺一共有十殿、四楼、三堂、二园一坊及四房。中轴线上依次有天宫殿(即山门)、哼哈殿、七佛坊、天王殿、观音殿、大雄宝殿、圣宫殿、藏经楼、祖师殿；左轴线上依次有并列的送子殿和关圣殿以及鼓楼、罗汉堂、西花园、祖堂；右轴线上依次有文殊楼、钟楼、五观堂、东花园。另外还有后房、马房、书房、涅槃房，建筑面积1万平方米以上。僧众最多时三千余人，香火鼎盛，是川西驰名的古刹丛林之一。民间即有“上朝云顶，下朝宝顶”之说。“文化大革命”期间，佛像均被破坏，部分殿宇被拆除，庙址改作别用。中共十一届三中全会后，政府出资迁移了占用单位，恢复佛事活动，目前有建筑面积5494平方米，为川内著名古建筑群。
