根据规划，重庆东站综合交通枢纽将引入4条轨道交通线路，即重庆轨道交通6号线支线、重庆轨道交通8号线、重庆轨道交通24号线和重庆轨道交通27号线。未来，待重庆东站建成通车后，将大幅度提高重庆交通水平。
重庆轨道交通6号线支线起于重庆东站，经长生老街站、百乐园站，终点接入已运营的6号线刘家坪站。全长6.79千米，其中高架段2.1千米，地下段4.69千米。
重庆轨道交通8号线是重庆规划的一条轨道交通线路。重庆轨道交通8号线一期工程起于重庆东站，终于鹿栖站，线路长度18.2km，设11座车站，平均站间距1.82km，最大站间距2.1km，最小站间距1.05km。
重庆轨道交通24号线是重庆市轨道交通线网中南部东西向的骨干线路，是重庆轨道交通在建的一条线路，也是广阳湾智创生态城重要公共交通脉络。重庆轨道交通24号线一期一共设站11座，分别是：鹿角北站、况家塘站、竹园村站、重庆东站、地龙湾站、瓦子坝站、茶涪路站、商贸城站、迎龙站、商贸城北站、广阳湾站。
重庆轨道交通27号线是重庆轨道交通线网中一条东西方向城轨快线，线路全长约51.9公里，西起璧山区璧山站，东至南岸区重庆东站，线路两端与市域（郊）铁路贯通运营。共设14个车站，分别是：璧山站、虎溪站、大学城南站、寨山坪站、西永站、磁器口站、沙坪坝站、石桥铺站、大坪西站、重庆站、后堡站、南坪站、广福大道站、重庆东站。
